Động Am Tiên dưới thời nhà Đinh vốn là nơi nhốt hổ để xử người có tội. Sau khi lên ngôi, Đinh Tiên Hoàng giao cho võ sư Trương Ma Ni và con trai vị quan này là phò mã Trương Ma Sơn phụ trách khu vực thung lũng lền kề thành Hoa Lư. Cha con vị quan tăng lục họ Trương đã cải tạo nơi hiểm trở này thành một pháp trường xử án để giúp vua trị nước.[5] Chùa động Am Tiên như một thế giới riêng biệt. Có một tấm bia cổ, từ thời Lý, chữ đã mờ hết đọc không được. Nhưng tấm bia dựng thời Vua Ðồng Khánh, chữ viết còn rõ ràng, nói về việc tu sửa chùa và động. Động Am Tiên nằm trên lưng chừng núi, xưa là nơi vua Đinh nuôi nhốt hổ báo để trừng trị những kẻ có tội, còn ngay dưới chân núi Đìa là Ao Giải, nơi vua nuôi cá sấu để ném những kẻ có tội xuống ao cho cá ăn thịt. Đây cũng là nơi vua Lê Đại Hành nhốt các tù binh Quách Quân Biện, Triệu Phụng Huân của nhà Tống xâm lược Đại Cồ Việt năm 981, đến năm 986 mới trả cho sứ giả Lý Giác. Ngoài ra trong khu vực còn có hang Muối, hang Tiền... là nơi vua cất giữ lương thực, ngân khố quốc gia thời Đinh Lê.

Những năm cuối cuộc đời, thái hậu Dương Vân Nga cũng xuất gia tu hành ở chùa Am Tiên với pháp danh là Bảo quang Hoàng thái hậu.[6] Một bài thơ truyền khẩu khắc được trên tường chùa đã tóm tắt phần nào cuộc đời và sự nghiệp của Hoàng Hậu Dương Vân Nga:

Đến thời Lý, thiền sư Nguyễn Minh Không đã ở trong hang tụng kinh thuyết pháp, xây thêm các bệ thờ Phật ở trong hang, người đời sau tiếp tục mở rộng cảnh chùa chiền để khách thập phương hành hương đến đó.

Hiện tại, hang chính của động Am Tiên vừa là một chùa đá thờ phật và thiền sư Nguyễn Minh Không, vừa là một đền thờ các vị danh nhân thời Đinh như 2 cha con đại thần Trương Ma Ni, phò mã Trương Quán Sơn, công chúa phù Dung cùng thái hậu Dương Vân Nga.